El ejemplo que viene con WME es basico pero cumple con todo lo minimo que debe tener un juego: cambio de escenas, recogida de objetos, uso de objetos, estados, gestión del inventario, etc.
Te recomiendo que lo destripes y si tienes alguna duda pregunta.
Antes de nada deberías hacer los tutoriales y conocer el modelo de objetos que usa WME, para saber que cosas tienes (actores, escenas, juego, etc.) Y sobre esto saber como manipularlo, me explico:
A tu pregunta de conectar una escena con otra, por ejemplo:
Game.ChangeScene ("nuevaescena");
Asi te funciona, pero la cosa es que hay un objeto (Game) sobre el que se pueden cambiar las escena, que a su vez son objetos (Scenes) sobre los que se posicionan actores, que son objetos (Actor), obviamente las escenas no solo pueden tener objetos actor, sino otros como por ejemplo entities y el objeto game, no solo tiene escenas, sino cosas como canales de sonido, por ejemplo. Además de todo el modelo de objetos están los programas que los gestionan (los scripts) y ya hay muchos escritos, pero luego tu puedes (y debes) escribir los tuyos para gestionar el juego y según te interese usar unos u otros, es decir es toda una estructura que cuando la conozcas y la comprendas te abrirá la mente para que puedas hacer lo que quieras con el motor.
Y lamentablemente, aunque aquí te podamos ayudar para usar WME y comprender la forma de trabajar con el tienes que conocer todo esto aunque sea minimamente, asi que yo empezaría por hacer todos los tutoriales antes de empezar a plantearte el juego que quieras hacer. Mientras te lo puedes ir pensando sin miedo, que WME puede con todo